公開日：2026年2月17日 最終更新：2026年9月29日 執筆：池田哲郎（中小企業診断士・認定経営革新等支援機関／池田計画合同会社 代表）
事業承継・M&A補助金は、事業承継やM&Aに着手する中小企業・小規模事業者を対象にした国の補助制度です。
「うちもそろそろ代替わりを考えないと……」
山梨県内の経営者の方と話していると、ここ数年でこうした声が本当に増えました。中小企業の経営者の高齢化が進むなか、事業承継は「いつかやること」ではなく「今すぐ動き始めるべきこと」になっています。
その第一歩を後押ししてくれる制度が、国の「事業承継・M&A補助金」です。この記事では、元銀行員・中小企業診断士として事業承継の現場に携わってきた立場から、16次公募の公募要領（Ver.1.0・2026年9月）をもとに制度の全体像を枠ごとに整理し、申請前に押さえておくべきポイントをお伝えします。
結論を先に言えば、事業承継・M&A補助金は承継の「段階」に応じて4つの枠があり、補助上限は150万〜2,000万円、補助率は原則1/2〜2/3（100億企業特例の1,000万円超部分のみ1/3）です。申請はJグランツでの電子申請のみで、GビズIDプライムの取得が前提になります。まず4枠の早見表で、自社がどこに当てはまるかを確認してください。
| 枠 | こんな方向け | 補助上限 | 補助率 |
|---|---|---|---|
| ①事業承継促進枠 | 親族内・従業員承継を5年以内に予定 | 800万円（賃上げで1,000万円） | 1/2（小規模事業者は2/3）※800万円超の部分は1/2 |
| ②専門家活用枠 | M&Aの仲介・FA・DDなどの専門家費用 | 買い手・売り手600万円（DD費用で＋200万円）／小規模売り手450万円／100億企業特例2,000万円 | 買い手2/3、売り手1/2（条件付きで2/3）、小規模売り手2/3、100億企業特例1/2（1,000万円超の部分は1/3） |
| ③PMI推進枠 | M&A成立後の経営統合 | PMI専門家活用類型150万円／事業統合投資類型800万円（賃上げで1,000万円） | PMI専門家活用類型1/2／事業統合投資類型1/2（小規模事業者は2/3） |
| ④廃業・再チャレンジ枠 | 廃業・再挑戦を伴うケース | 300万円（併用申請では他枠の上限に＋300万円、小規模売り手との併用は＋150万円） | 単独申請2/3／併用申請は他枠の補助率に従う |
山梨県内で使える他の補助金とあわせて検討したい方は、山梨県の中小企業が使える補助金一覧もご覧ください。
現在の公募状況（2026年9月29日時点）：16次公募の公募要領が2026年9月4日に公開され、申請受付は2026年10月2日（金）〜11月6日（金）17:00の予定です。採択は2026年12月下旬以降、順次の予定とされています。直前の15次公募は、2026年9月11日に採択結果が公表されました（申請551件・採択338件）。受付期間は変更される可能性があるため、実際に申請する際は必ず事業承継・M&A補助金 公式サイトで最新の公募要領をご確認ください。
事業承継・M&A補助金とは？2026年の制度全体像
事業承継・M&A補助金は、中小企業・小規模事業者が事業承継やM&Aに際して行う設備投資、専門家の活用、経営統合にかかる費用の一部を国が補助する制度です。
もともとは「事業承継・引継ぎ補助金」（1次〜10次公募）という名称で運用されていましたが、11次公募から制度の枠組みと名称が見直され、現在の「事業承継・M&A補助金」に変わりました。枠の構成や補助上限にも変更が入っているため、以前の制度をご存じの方も改めて確認をお勧めします。
この制度の大きな特徴は、事業承継の「段階」に応じて4つの枠が用意されている点です。承継前の準備段階から、M&A成立後の経営統合、さらには廃業を伴うケースまで、幅広い場面をカバーしています。枠の細部は公募回ごとに見直されることがあるため、申請する回の公募要領で確認することが前提です。
申請方法とスケジュールはどうなっている？
事業承継・M&A補助金は、公募回ごとに「公募要領の公表 → 申請受付（約5週間） → 審査 → 採択発表 → 交付申請・補助事業の実施 → 実績報告」という流れで進みます。16次公募の予定は次のとおりです（公募要領公開時点の予定で、変更の可能性があります）。
| 手続き | 16次公募の日程 |
|---|---|
| 公募要領の公開 | 2026年9月4日（金） |
| 申請受付 | 2026年10月2日（金）〜11月6日（金）17:00 |
| 公募説明会（オンライン） | 2026年10月9日（金）※申込は10月7日（水）17時まで |
| 採択 | 2026年12月下旬以降、順次（予定） |
| 交付申請の受付 | 2027年1月上旬〜11月中旬（予定） |
| 交付決定 | 2027年1月下旬以降、順次（予定） |
| 補助事業期間 | 2027年1月下旬（予定）から14か月以内 |
申請方法はどの公募回でも共通で、Jグランツでの電子申請のみです（郵送・窓口での申請は不可）。Jグランツを使うにはGビズIDプライムアカウントが必須で、中小企業庁の16次公募の発表では、アカウントの取得に2〜3週間程度かかるとされています。取得後にJグランツでの入力と書類添付の時間も要るため、これから申請を考えている方は、遅くとも10月上旬までにGビズIDプライムの申請を済ませておくのが安全です。
もう一点、申請書類の作成を外部に頼む場合の注意があります。公募要領では、行政書士（又は行政書士法人）でない者が申請者に代わって有償で申請の作成を行うことは行政書士法違反に該当する可能性があり、交付決定後に判明した場合は交付決定の取消しもありうると明記されています。誰に何を頼めるかは補助金申請の代行は誰に頼む？違法の線引きと業者の見分け方で整理しています。
4つの枠を一つずつ解説
①事業承継促進枠──親族内・従業員承継をこれから行う方向け
事業承継促進枠は、親族内承継または従業員承継を予定している中小企業者・個人事業主が対象です。16次公募では、公募申請期日の2026年11月6日から5年後の2031年11月5日までに事業承継を完了する予定であることが条件になります。承継にあたって必要となる設備投資や、店舗・事務所の改築費用などが補助されます。
補助率： 1/2以内（小規模事業者は2/3以内）。ただし800万円を超え1,000万円以下の部分は一律1/2以内
補助上限額： 800万円（賃上げ要件を満たす場合は1,000万円に引上げ）。補助下限額は100万円
主な補助対象経費： 設備費（国内の店舗・事務所等の工事、機械器具等の調達）、謝金、旅費、外注費、委託費、産業財産権等関連経費
対象となるのは、経営権と所有権（株式・持分等）のいずれもが被承継者から承継者に譲渡される承継です。代表者の交代だけで株式が動かないケースや、物品・不動産だけを持つ事業の承継は対象外です。また、事業承継に際して被承継者に支払う譲受費用（土地・資産の購入費用など）は補助対象になりません。期限までに承継が完了しなかった場合は、事業者の責めに帰することができない事由がある場合を除き、補助金の返還が必要です。
補助上限を1,000万円に引き上げる賃上げ要件は、補助事業が完了した日を含む事業年度（基準年度）と比べて、翌年度の「従業員1人当たりの給与支給総額」を3％以上引き上げることです。公募申請時までに全従業員（又は従業員代表者）と役員に表明し、「賃金引上げ計画の誓約書」などを提出する必要があります。申請時に表明せず後から賃上げしても、上限は800万円のままです。達成できなかった場合は、天災など事業者の責めに帰さない理由がある場合を除き、引上げ分（最大200万円）の返還を求められます。
また、補助事業期間を含む5年間の事業計画で、「付加価値額」又は「1人当たりの付加価値額」の伸び率が年3％以上となる計画が求められます（付加価値額＝営業利益＋人件費＋減価償却費）。銀行員時代の経験から申し上げると、審査する側が見ているのは「目標の高さ」ではなく「その数字に合理的な根拠があるかどうか」です。設備投資によって何がどう変わるのかを、具体的な数字で裏付けることが採択への近道になります。
なお、事業承継促進枠は専門家活用枠・PMI推進枠と同じ公募回に申請することはできません。
②専門家活用枠──M&Aを進めている・これから着手する方向け
専門家活用枠は、M&Aによって経営資源を譲り受ける、あるいは譲り渡す予定の中小企業等が対象です。M&Aに関する専門家費用が補助されます。「買い手支援類型」と「売り手支援類型」を基本に、「100億企業特例」と「小規模売り手支援類型」が設けられています。
＜買い手支援類型＞
補助率： 2/3以内
補助上限額： 600万円（DD費用を申請する場合は＋200万円で上限800万円）。補助下限額は50万円。買い手支援類型では、DD費用を計上するかどうかに関わらずデュー・ディリジェンスの実施が必要です
＜売り手支援類型＞
補助率： 1/2以内。①直近決算期の営業利益又は経常利益が赤字、②物価高等の影響で営業利益率が低下、のいずれかに該当する場合は2/3以内
補助上限額： 600万円（DD費用を申請する場合は＋200万円で上限800万円）。補助下限額は50万円
買い手・売り手とも、補助事業期間内にM&Aがクロージングしなかった場合は、補助上限額が300万円に変わり、補助対象は原則として、買い手支援類型ではDD費用のみ、売り手支援類型ではDD費用とシステム利用料に限られます。
＜買い手支援類型 100億企業特例＞
売上高100億円を目指す「100億宣言」を行った中小企業向けの特例で、補助上限額は2,000万円です。補助率は1,000万円以下の部分が1/2、1,000万円超の部分が1/3。公募申請時までに100億宣言がポータルサイトで公表されていること、被承継者の従業員の雇用を3年間維持すること、最低譲渡価額が5億円以上であることなど、通常の買い手支援類型とは別の要件があります。
＜小規模売り手支援類型（15次公募で新設）＞
小規模事業者等がM&Aで事業を譲り渡す際の仲介手数料等を補助する類型です。補助上限額は450万円・補助率は2/3以内で、補助下限額はありません。クロージングしなかった場合の上限は50万円（着手金・システム利用料・DD費用が対象）に変わります。通常の売り手支援類型と同じ公募回に申請することはできません。
補助対象となる主な経費は、FA（ファイナンシャルアドバイザー）や仲介にかかる費用、デュー・ディリジェンス費用、セカンドオピニオン費用、表明保証保険料などです。ただし、FA・仲介費用についてはM&A支援機関登録制度に登録された事業者に支払うものに限られます。
見落としやすいのが契約のタイミングです。専門家との委託契約は交付決定日以降に締結する必要があり、交付決定前に結んだ契約の費用は補助対象になりません。すでにFAや仲介業者と話が進んでいる方は、契約の時期を必ず確認してください。
また、原則として2者以上から見積を取得することが求められます。見積書には発行者・見積金額（申請経費の内訳）・業務受託期間・受託業務の範囲の記載が必要です。
③PMI推進枠──M&A成立後の経営統合に取り組む方向け
PMI（Post Merger Integration）とは、M&A成立後に行われる経営統合のプロセスのことです。この枠は「PMI専門家活用類型」と「事業統合投資類型」の2つに分かれます。対象になるのは、M&Aのクロージング後3年以内に行うPMIの取組です。親族間の承継やグループ内の事業再編は対象になりません。
＜PMI専門家活用類型＞
補助率： 1/2以内 補助上限額： 150万円（補助下限額は50万円）
統合方針の策定や経営体制の整備などに関して専門家を活用する取組が対象です。交付申請時点で、M&Aの最終契約を締結していることが要件になります。
＜事業統合投資類型＞
補助率： 1/2以内（小規模事業者は2/3以内。800万円超の部分は1/2以内） 補助上限額： 800万円（賃上げ要件を満たす場合は1,000万円に引上げ。補助下限額は100万円）
工場・製造ラインの統合に伴う設備投資や、システムの統合などが対象です。賃上げ要件は事業承継促進枠と同じく、従業員1人当たりの給与支給総額を3％以上引き上げる内容です。
注意点として、PMI専門家活用類型と事業統合投資類型には前後関係があり、同一公募回での同時申請はできません。一方、PMI専門家活用類型は、専門家活用枠（買い手支援類型）と同じ公募回に「同時申請」することができます。M&Aの専門家費用と、成約後の統合計画づくりをまとめて準備できる組み合わせです。
④廃業・再チャレンジ枠──事業整理を伴うケースに
事業承継やM&Aに伴い既存事業を廃業する場合、あるいはM&Aが成約に至らず新たな取組に挑む場合に使える枠です。
補助率： 再チャレンジ申請（単独申請）は2/3以内。他の枠と併用申請する場合は、各事業における事業費の補助率に従います
補助上限額： 300万円（補助下限額は50万円）。他の枠と併用申請する場合は、それぞれの補助上限に加算されます（小規模売り手支援類型との併用は150万円）
主な補助対象経費： 廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費 等（廃業・再チャレンジ枠の公募要領では、廃業支援費の上限を50万円としています）
この枠の特徴は、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠と併用申請ができることです。たとえば事業承継促進枠（賃上げ要件あり・上限1,000万円）と併用すれば、最大1,300万円の補助を受けられる計算になります。併用申請の場合は、廃業・再チャレンジ枠としてではなく、併用する側の枠（事業承継促進枠など）の申請として手続きします。なお、専門家活用枠と併用する場合、M&Aの引継ぎが補助事業期間内に実現しなければ廃業費は補助対象外です。
単独で申請する「再チャレンジ申請」は、M&Aで事業を譲り渡せなかった中小企業等の株主や個人事業主（法人の場合は株主、個人事業主の場合は本人）が、新規事業に取り組むために既存事業を廃業するケースが対象です。2020年以降、売り手としてM&Aに着手し3か月以上取り組んでいること（事業承継・引継ぎ支援センターへの相談依頼、M&A支援機関との契約、M&Aマッチングサイトへの登録のいずれかで証明）が条件で、補助事業期間内に会社自体の廃業を完了する必要があります。
過去の採択実績──「6割」の背景を読む
事業承継・M&A補助金事務局は、公募回ごとに申請件数と採択件数を公式サイトで公表しています。11次〜15次の5回分をまとめると次のとおりです（採択率は当社が件数から計算）。
| 公募回（結果公表日） | 申請件数 | 採択件数 | 採択率 |
|---|---|---|---|
| 11次（2025年7月11日・専門家活用枠のみ） | 590件 | 359件 | 約60.8% |
| 12次（2025年10月27日） | 742件 | 453件 | 約61.1% |
| 13次（2026年1月15日） | 481件 | 293件 | 約60.9% |
| 14次（2026年5月15日） | 512件 | 311件 | 約60.7% |
| 15次（2026年9月11日） | 551件 | 338件 | 約61.3% |
直近の15次公募を枠別に見ると、事業承継促進枠が190件→115件（約60.5%）、専門家活用枠が312件→194件（約62.2%）、PMI推進枠が47件→28件（約59.6%）、廃業・再チャレンジ枠が2件→1件でした。
11次〜15次のいずれの回も、全体の採択率はおおむね60〜61%で推移しています。一見すると「6割も通るなら出してみよう」と思えるかもしれませんが、そう単純な話ではありません。
この補助金はそもそも準備のハードルが高く、GビズIDの取得、事業計画の策定、各種書類の準備（事業承継促進枠などでは認定支援機関の確認書も）を経て初めて申請に至ります。つまり「書類が整わなかった人は最初から母数に入っていない」のです。
裏を返せば、しっかり準備すれば十分に手が届く補助金だということです。「出せば通る」とは言えませんが、「丁寧に準備すれば通る確率は十分にある」──それがこの採択率の示す意味だと私は考えています。採択率を上げるための申請前の準備については、補助金の採択率を上げるために申請前にやるべき3つのことでも詳しく解説しています。